Pracami Fundacji Aktywni w Pracy kieruje Zarząd. Obecnie Fundację reprezentuje jednoosobowo p. Marek Klimkowski jako Prezes Zarządu.
Nadzór nad działalnością Fundacji jest sprawowany przez Radę Fundacji w składzie Monika Baraniewska i Wiesław Klimkowski.
Ponadto nadzór nad Fundacją sprawują minister właściwy do spraw pracy i polityki społecznej oraz prezydent m.st. Warszawy.