Pracami Fundacji Aktywni w Pracy kieruje Zarząd. Obecnie Fundację reprezentuje p. Monika Baraniewska jako Prezes Zarządu oraz p. Michał Stępień jako Członek Zarządu.
Nadzór nad działalnością Fundacji jest sprawowany przez Radę Fundacji w składzie Marek Klimkowski (Przewodniczący Rady Fundacji), Tomasz Brzostek, Przemysław Deredas, Wiesław Klimkowski i Andrzej Zwolan (członkowie Rady Fundacji).
Ponadto nadzór nad Fundacją sprawują minister właściwy do spraw polityki społecznej oraz prezydent m.st. Warszawy.