Pracami Fundacji Aktywni w Pracy kieruje Zarząd. Obecnie Fundację reprezentuje p. Karolina Jałbrzykowska – Szabłowska jako Prezes Zarządu oraz p. Michał Stępień jako Członek Zarządu.

Nadzór nad działalnością Fundacji jest sprawowany przez Radę Fundacji w składzie Marek Klimkowski (Przewodniczący Rady Fundacji), Tomasz Brzostek, Przemysław Deredas, Wiesław Klimkowski i Andrzej Zwolan (członkowie Rady Fundacji).

Ponadto nadzór nad Fundacją sprawują minister właściwy do spraw polityki społecznej oraz prezydent m.st. Warszawy.